###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
lizard = c(6.2,6.6,7.1,7.4,7.6,7.9,8.0,8.3,8.4,8.5,8.6 
,8.8,8.8,9.1,9.2,9.4,9.4,9.7,9.9,10.2,10.4,10.8,11.3,11.9)


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
t.test(lizard)


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
t.test(lizard,conf.level=0.90)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
prop.test(83,100,.75)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
norm.interval = function( data, variance = var(data), conf.level=.95) {
  z = qnorm((1-conf.level)/2,lower.tail=FALSE)
  xbar = mean(data)
  sdx = sqrt(variance/length(data))
  c(xbar-z*sdx,xbar+z*sdx)
}
norm.interval(lizard,2)


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### chunk number 6: 
###################################################
var.interval = function( data, conf.level=.95) {
  df = length(data)-1
  chilower = qchisq((1-conf.level)/2,df)
  chiupper = qchisq((1-conf.level)/2,df,lower.tail=FALSE)
  v = var(data)
  c(df*v/chiupper,df*v/chilower)
}
var.interval(lizard)


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
n.draw = 100
mu = 9
n = 24
SD = sd(lizard)
SD
draws = matrix( rnorm( n.draw * n, mu, SD ), n )


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
get.conf.int = function( x ) t.test( x )$conf.int
conf.int = apply( draws, 2, get.conf.int )
sum(conf.int[1,]<= mu & conf.int[2,] >= mu )


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
plot(range(conf.int),c(0,1+n.draw),type="n",
  xlab="mean tail length",ylab="sample run")
for(i in 1:n.draw)lines(conf.int[,i],rep(i,2),lwd=2)
abline(v=9,lwd=2,lty=2)