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### chunk number 1: 
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drug = read.table("http://www.stat.wisc.edu/~st571-1/data/drug.dat")
group = factor(drug$V1)
y = drug$V2


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### chunk number 2: 
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oneway.test(y~group,var.equal=TRUE)


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
drug.lm =lm(y~group)
anova(drug.lm)


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### chunk number 4: 
###################################################
tmp = tapply(y,group,stem)
boxplot(split(y,group))


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### chunk number 5: 
###################################################
plot(tapply(y,group,mean),tapply(y,group,sd),
  xlab="means",ylab="SDs",pch=levels(group))


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### chunk number 6: 
###################################################
plot(drug.lm,which=1)


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
fungus =
c(1.75,1.25,1,2.75,1.25,2.5,1.5,3.75,2,1.75,2.5,3,2.75,4.25,3,3.5,2.75,2.25,4)
trt = c(rep(1,5),rep(2,8),rep(3,6))
kruskal.test(fungus,trt)


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### chunk number 8: 
###################################################
levene.test = function(data,v1="V1",v2="V2") {
levene.trans = function(data) {
## find median for group of data
## subtract median; take absolute value
a = sort(abs( data - median(data)))
## if odd sample size, remove exactly one zero
if(length(a)%%2) a[a!=0 | duplicated(a)] else a
}
## set up data frame with transformed data for anova
V2 = lapply(split(drug[[v2]],drug[[v1]]),levene.trans)
V1 = rep(seq(length(V2)),lapply(V2,length))
levdata = data.frame(V1=factor(V1),V2=unsplit(V2,V1))
## perform one-way anova on transformed data
cat("Overall ANOVA for Levene's Test\n")
print(anova(lm(V2~V1,levdata)))
## perform pairwise T-tests on transformed data
cat("\nPairwise Levene's Tests\n")
pairwise.t.test(levdata$V2,levdata$V1,p.adjust="none")
}


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### chunk number 9: 
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levene.test(drug)