###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
backcross = c(209,193,223,212,238,211,228)
inbred = c(202,182,221,197,233,214,218)
t.test(backcross-inbred)


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
t.test(backcross,inbred,paired=TRUE)


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
bigbend = c(6.2,6.6,7.1,7.4,7.6,7.9,8.0,8.3,8.4,8.5,8.6 
,8.8,8.8,9.1,9.2,9.4,9.4,9.7,9.9,10.2,10.4,10.8,11.3,11.9)
boxcanyon = c(8.1,8.8,9.0,9.5,9.5,9.8,9.9,10.3,10.4,10.6,
10.7,10.9,10.9,11.1,11.4,12)
t.test(bigbend,boxcanyon,var.equal=TRUE)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
n1 = length(bigbend)
n2 = length(boxcanyon)
var1 = var(bigbend)
var1 
var2 = var(boxcanyon)
var2
sdpool = sqrt(((n1-1)*var1+(n2-1)*var2)/(n1+n2-2))
sdpool


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
ybar1 = mean( bigbend)
ybar1
ybar2 = mean(boxcanyon)
ybar2
t.value = (ybar1-ybar2)/(sdpool*sqrt((1/n1)+(1/n2)))
t.value


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
2 * pt(abs(t.value), n1+n2-2, lower.tail=F)


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
compostA = c(24,25,26,26,27,28,28,30,33)
compostB = c(22,32,37,40,44,47,49,51,52,56,67)
t.test(compostA,compostB)


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
drugA = c(14,11,37,17,21)
drugB = c(8,13,9)
wilcox.test(drugA,drugB)


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
wilcox.test(backcross-inbred)
wilcox.test(backcross,inbred,paired=TRUE)


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
prop.test(c(54,40),c(72,67))


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
levene.test = function(data1,data2) {
levene.trans = function(data) {
## find median for group of data
## subtract median; take absolute value
a = sort(abs( data - median(data)))
## if odd sample size, remove exactly one zero
if(length(a)%%2) a[a!=0 | duplicated(a)] else a
}
## perform two-independent sample T-test on transformed data
t.test(levene.trans(data1),levene.trans(data2),var.equal=TRUE)
}


###################################################
### chunk number 12: 
###################################################
planterI =
c(1.2,1.6,1.7,2.4,2.4,2.5,2.6,2.7,2.7,2.9,3.1,3.2,3.3,3.7,3.9,4)
planterII =
c(2.2,2.3,2.3,2.5,2.5,2.5,2.6,2.7,2.7,2.8,2.8,2.8,2.8,2.9,3,3.1,3.1,3.3,3.4)
levene.test(planterI,planterII)